A ' Wikipédia’ para imagens biomédicas

17 09 2012

Um grupo de pesquisadores, entre eles, Ignacio Arganda, Investigador pós-doutorado no laboratório de neurociência computacional do Instituto de tecnologia de Massachusetts (MIT), têm sido postas em prática Fiji, uma plataforma que permite compartilhar aplicativos para melhorar e avançar a análise de imagens de transformação e biomédica. “Tudo isso em open source”, chamou Arganda.

Unos 20 desarrolladores de todo el mundo trabajan para mejorar la plataforma. | MIT

Uns poucos 20 desenvolvedores de todo o mundo do trabalho para melhorar a plataforma. | MIT

A plataforma foi construída sobre as fundações de uma anterior, chamada ImageJ, era bem conhecido no sector no momento e que não open source mas de domínio público. De acordo com Arganda, Ele tinha a vantagem de que quem trabalhou em imagiologia médica poderia muito facilmente fazer partes do programa para resolver seus próprios problemas e colocá-los na plataforma com um sistema chamado plug-in (um aplicativo que está relacionado a outra, para dar uma função nova e específica).

No entanto, Adiciona, Esta plataforma tornou-se muito caótica, com todos os tipos e não apenas aplicações Biomedical Imaging. Ele também começou a ser usado para tratar imagens de astronomia, em acompanhamento de vídeo, etc. “Havia uma grande falta de controle e falta de estrutura”, Notas.

Por que, Este grupo de pesquisadores, “sem o apoio de ninguém e espontaneamente“, Ele decidiu criar uma nova plataforma de código aberto que colocar uma ordem no que já existia e reutilizados tudo o que de interessante e útil para seu trabalho.

“Nós fizemos uma Wikipédia de tipo ordenado web, em que as pessoas podem contribuir e utilizar seus conhecimentos para ajudar os outros. Para nossa surpresa, Tornou-se muito popular”, garante. De acordo com Ignacio Arganda, Fiji tem atualmente 127.000 visitas únicas (20.000 cada mês novo).

Uma referência

“Usuários impulsionar grande qualidade para esta plataforma com suas contribuições e isso significa que cada vez mais pessoas compartilham seu código livremente. Por esta razão, Fiji de facto se tornará um padrão no campo da biomedicina Imaging”, enfatiza Arganda

“Este foi o nosso objetivo, porque a maioria de nós envolvidos neste projeto tinha trabalhado durante anos no campo da imagiologia médica e nós mesmos muitas vezes os artigos em que foi feita referência a um método fantástico para tratar imagens, mas no final não poderia verificar se era ou não verdade, porque a técnica foi associada com um programa que não foi fornecida e imagens que não eram acessíveis”.

No momento há Uns poucos 20 desenvolvedores em todo o mundo do trabalho para melhorar a plataforma e torná-lo livre. “Todos são cientistas que têm seu próprio projeto, mas que desenvolvem nesta plataforma, porque é mais confortável para eles e considerá-lo mais interessante”, diz Arganda.

Este pesquisador você contatou os promotores de Fiji para seu projeto de tese de doutorado. “Eu estava trabalhando em um projeto de desenvolvimento da glândula mamária e ratos com câncer de mama e teve alguns cortes de tecido. Comecei a desenvolver um programa para fazer o alinhamento da imagem de elástico para permitir a reconstrução em 3D. -Os interessados e fui chamado para trabalhar na plataforma”.

Este é um exemplo de coisas que estão nas Ilhas Fiji, diz. Arganda, trabalha agora na máquina parada de sistemas de aprendizagem reconhecer as bordas dos neurônios em imagens microscopia eletrônica no laboratório de neurociência computacional no MIT. Aplicativos desenvolvidos por eles também se transformou na plataforma.

Sucesso com empresas

O pesquisador acredita que o sucesso de Fiji também está mudando as forma como as empresas no sector da biomedicina Imaging, ambas as assinaturas de microscopia como grandes laboratórios. “Essas empresas reconhecem esta plataforma como um alto padrão de qualidade e eles sabem que eles têm duas opções: competir ou cooperar com Fiji. Você pode fazer seus próprios plug-ins rodando na plataforma e mantê-los e então se algo muito específico, eles podem vendê-lo aos usuários”.

“Eu, por exemplo, uma empresa de microscopia contactou-me porque eles estavam usando o meu programa de alinhamento de imagens elástica para corrigir distorções em seus microscópios. Me pediram uma versão específica do programa, mas foi feito durante o meu desenvolvimento de tese, Portanto, não poderia ser facilmente vendido. At o fim chegar a um acordo para que eles poderiam usar ele com a única condição que se fizeram algumas melhorias que eu teria de se comunicar para que eu pudesse incluir como código livre e enviá-lo para a plataforma”.

Ignacio Arganda explica que, como ele, Há outros pesquisadores que também tiveram contato com as empresas, que eles contrataram como consultores para dias para manter o código que eles precisavam desenvolver seus produtos.

“A plataforma dá-lhe uma alta visibilidade - diz-. Para meu pós-doutorado na Universidade de Stanford e MIT ofereceu-me porque tinha acesso ao meu código de alinhamento elástica e sabia o que era capaz”, conclui.

Mapeamento de conexões neurais

Ignacio Arganda está fazendo seu companheiro de pós-doutorado no laboratório de neurociência computacional no MIT, dirigido por Sebastian Seung mídia, um dos líderes da projeto Conectoma. Esta iniciativa visa ter um mapa de conexões neurais no cérebro a partir de um aplicativo ‘ on-line’ chamada EyeWire.org aberto à participação dos cidadãos.

Arganda centra-se no desenvolvimento de programas de inteligência artificial que reconhecem automaticamente o contorno dos neurônios e, em seguida, fazer a reconstrução da fiação nessas áreas do cérebro.

 

Elmundo.es [en línea] Madrid(ESP): elElmundo. es17 de septiembre de 2012 [Ref. 30 de agosto de 2012] Disponible en Internet: http://www.elmundo.es/elmundosalud/2012/08/30/tecnologiamedica/1346314849.html?CID = GNEW970103


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