'Wikipedia duzu’ irudi biomedikoak

17 09 2012

Ikertzaile-talde batek, Ignacio BARNE HARTUTA Arganda, Neurozientzia Laborategiko Computational doktorego osteko ikertzaile, Massachusetts Institute of Technology (CON), jarri dute martxan Fiji, plataforma bat biomedikoan irudiak eta azterketa gehiago prozesatzeko aplikazioaren partekatzeko bazkide. “Open source hau”, Arganda oharrak.

Unos 20 desarrolladores de todo el mundo trabajan para mejorar la plataforma. | MIT

Buruz 20 mundu osoko garatzaileek plataforma hobetzeko lan. | CON

Plataforma da lehenago baten oinarriak eraiki, deitu ImageJ, eta industria ezagutzen garai hartan, eta ez zen ireki iturri baina domeinu publikoa. Arganda arabera, abantaila izan irudi mediku lan egiten du edozein pertsona egin litezke oso erraz chip programa beren arazoak konpontzeko eta plataforma izeneko plug-in sistema bat jarri (beste erlazionatzen dituen aplikazio bat berri bat ekartzea da funtzio zehatz bat).

Hala eta guztiz ere, gehitzen, plataforma honetan aplikazio guztiak kaotikoa izan zen ere, ez bakarrik biomedikoan irudi. Era berean, astronomia irudiak tratatzeko erabiltzen hasi zen, eta bideo jarraipen, etc. “Ez zen oso handiak kontrolik gabeko eta egitura eza”, oharrak.

Hori dela eta, Ikertzaile-talde honek, “Edozeinek laguntza gabe eta naturaltasunez“, open source plataforma berri bat sortu nahi du erabaki zer existitu eta berrerabili zer interesgarria eta erabilgarria izan zen bere lana jarri.

“Dugu ordenatuan mota web wikipedia, Bertan pertsona eta laguntzea izan da beren ezagutza erabili besteei laguntzeko. Gure harridurarako, oso ezaguna bihurtu da”, bermatzen du. Ignacio Arganda arabera, Fiji ditu gaur egun 127.000 berezia bisitak (20.000 berri hilabetea).

Erreferente A

“Erabiltzaileek ematen kalitate handiko plataforma honetan beren ekarpenak eta hori duten pertsonek gero eta partekatu zure kodea libreki Boon da. Horrela, Fiji irudi biomedikoak Eremu de facto estandar bat izango da”, azpimarratzen Arganda

“Hau da gure helburua izan zen gurekin gehienak proiektu honetan parte hartzen zuen urte irudi mediku-eremuan lan egin duelako, eta sarri askotan izan dugu artikulu metodo bat fantasiazko irudiak tratatzeko aipatzen, baina, azkenean, ezin izan du ikusi zen egia edo ez bada, teknika zen programa bat ez zela, eta irudi batzuk ez ziren eskuragarria delako lotutako”.

Une honetan buruz 20 munduan lan inguruan banatzen garatzaileek plataforma hobetzeko eta doan. “Guztiak duten zientzialariak beren proiektua, baina hori plataforma honetan garatzen da, erosoagoa eta interesgarri gehiago kontuan hartu delako”, dio Arganda.

Ikerlari honetan Fiji sustatzaile bere doktorego tesia harremanetan jarri. “Guruineko mammary garapena eta bularreko minbizia, saguak eta ehun atal buruzko proiektu bat aztertzeko lan egin zuen. Irudien lerrokatzea elastikoa programa bat garatzen hasi nintzen. 3D berreraikuntza onartzen. Interesa izan ziren, eta plataforma me elkarlanean aritzeko deitu dute”.

Gauzak nola Fiji dira adibide bat da, dio. Orain Arganda makinen ikasketa-sistema lan gelditzeko aitortu ertzak irudiak neurona Konputazio Laborategia Neurozientzia elektroi mikroskopia MIT. Aplikazioak garatu dira plataforma dump ere.

Enpresa-arrakasta

Ikertzaileak uste du Fiji arrakasta enpresak jarduten biomedikoan irudi sektore hori ere aldatzen ari, bai enpresa handi eta laborategi mikroskopia. “Enpresa horiek onartzen plataforma honetan kalitate handiko estandar bat ezagutu eta bi aukera dute: lehiatuko Fiji elkarlanean. Zeure egin ahal izango dute plataforman lan egiteko plug-in eta ondoren mantentzeko horiek zerbait oso zehatza bada, erabiltzaile daiteke saldu”.

“Enpresa-mikroskopia adibidez Me harremanetan jarri me ziren nire programa irudien lerrokatzea elastikoa erabiliz duelako Zuzendu beren mikroskopio distortsio. Garapen-programa baten bertsio zehatz bat eskatu nion, baina nire tesia zehar egindako, erraz nonmarketable. Azkenean egin badute hobekuntzak edozein me gisa free kodea ezin izan dut, besteak beste, eta igotzeko plataforma izango litzateke baldintza bakarra erabili ahal izango da hitzartutako dugu”.

Azaltzen du Ignacio Arganda, zuen, Beste ikertzaile ere izan enpresa harremana, aholkulari kontratatu dira beren produktuak garatzeko beharrezkoak diren kodea Egunez mantentzeko.

“Plataforma handia ematen dizu ikusgarritasuna, dio,. Stanford Unibertsitateko eta MIT Vasco eskaini dut nire kodea lerrokatzea elastikoa sarbidea izan zuten, zeren eta bazekien zer gai izan zen”, ondorioztatzen.

Neurona konexioak Cartografía

Ignacio Arganda bere Vasco egiten ari da Neurozientzia Konputazio Laborategia MIT, Sebastian Seung buru media, liderrak connectome proiektua. Ekimen honen helburua aplikazio online hemen garunaren konexio guztiak Neurona mapa bat izan’ deitu eyewire.org parte-hartze publiko ireki.

Arganda garatzen ari da arduratzen adimen artifiziala, programak automatikoki ezagutzen neurona outline eta, ondoren, gai izango kableatuaren birsortu garuneko eremu horietan.

 

Elmundo.es [on-line] Madrid(ESP): elmundo.es, 17 Iraila 2012 [ref. 30 Abuztua 2012] Interneten eskuragarri dagoen: http://www.elmundo.es/elmundosalud/2012/08/30/tecnologiamedica/1346314849.html?cid = GNEW970103


Actions

Informations

Leave a comment

You can use these tags : <a href="" title=""> <abbr title=""> <acronym title=""> <b> <blockquote cite=""> <cite> <code> <del datetime=""> <em> <i> <q cite=""> <strike> <strong>